Descripción

El propósito del curso es introducir al alumnado al vasto y fascinante campo de la modelación de nichos ecológicos y distribuciones de especies. El curso pretende que el alumnado aprenda las bases conceptuales más importantes para el adecuado uso e interpretación de los modelos de nicho ecológico y que adquiera habilidades técnicas para el uso de los programas de modelación y paquetería en R que le permita desarrollar diversos análisis, con énfasis en los temas de cambio climático e invasiones biológicas. Al tratarse de un curso introductorio, habrá sesiones en las que se presenten los conceptos centrales en ecología geográfica y otros temas, y sesiones prácticas para el uso de programas de modelación y paquetería de R.

Horario y fecha de inicio
Importante: Se abrirá un único grupo.
Horario:
  • Inicia el miércoles 19 de febrero de 2025 y finaliza el 09 de abril de 2025.
  • Se impartirá todos los miércoles de 18:00 a 20:00 horas (GMT-6) durante 8 semanas.

Tipo de curso
  • Modalidad: Virtual, 8 sesiones sincrónicas semanales.
  • Teórico/Práctico: Para completar el programa, es necesario tener una asistencia efectiva de más del 75% de las clases sincrónicas virtuales, y sus evaluaciones con un promedio mayor o igual a 70.
  • Costo: Gratuito.
Requisitos
  • Tener disponibilidad de al menos 16 horas durante todo el programa para asistir a ocho sesiones sincrónicas virtuales de clases. (2hrs / clase)
  • Tener disponibilidad de al menos 32 horas durante todo el programa para realizar tareas cortas y un proyecto final. (4hrs / semana)
  • Tener conocimientos básicos de R y de SIG (en R o en cualquier otro programa).
  • Llenar el formulario para Participar en las actividades de la redbioma. (anteriormente circulado, por favor llenarlo una sola vez)

Formulario de inscripción

Enlace: Inscripciones Modelado de nichos ecológicos y distribución de especies

Objetivos

General

Obtener los conocimientos teóricos y prácticos básicos para el adecuado uso de la modelación de nichos ecológicos y distribuciones de especies.

Específicos

  • Conocer las bases conceptuales de ecología geográfica que sustentan la modelación de nichos ecológicos y distribuciones de especies.
  • Familiarizarse con el manejo de programas y paquetería de R para generar modelos de nicho ecológico.
  • Aplicar la modelación de nichos ecológicos y distribuciones de especies en el contexto de cambio climático.

Metodología del curso

El curso es teórico-práctico, por lo que en las sesiones sincrónicas se dispondrá de un tiempo para presentar los conceptos básicos que permitan entender el funcionamiento y buen uso de los modelos de nicho ecológico, a través de ejemplos específicos. Asimismo, se realizarán ejercicios prácticos que permitan al alumnado adquirir las herramientas básicas para desarrollar proyectos de investigación. Se asignarán tareas que refuercen los conocimientos adquiridos y se desarrollará un proyecto final individual o en equipo que ponga en práctica los conceptos y procedimientos aprendidos durante el curso.

Importante:
  • Todas las sesiones sincrónicas serán grabadas y publicadas en el sitio web del proyecto.
  • Los proyectos finales de investigación serán publicados en el sitio web del proyecto.

Contenidos del programa

  1. Introducción.
    2.
    1. Introducción a los modelos de nicho.
    2. Conceptos de nicho ecológico.
    3. Práctica: Instalación de paquetería en R.
  2. Conceptos fundamentales.
    3.
    1. Nichos y distribuciones.
    2. El proceso de modelado.
    3. Práctica: Explorando ntbox.
  3. Datos de entrada.
    4.
    1. Datos biológicos: consideraciones y fuentes.
    2. Datos ambientales: área de calibración, M, consideraciones y fuentes.
    3. Práctica: Obtención y limpieza de datos biológicos y preparación de capas ambientales.
  4. Algoritmos de modelación I.
    5.
    1. Tipos de algoritmos.
    2. Maxent.
    3. Práctica: Modelación en la plataforma Maxent.
  5. Algoritmos de modelación II.
    6.
    1. Elipsoides.
    2. Práctica: Modelación con elipsoides en ntbox.
  6. Transferencia de modelos de nicho en espacio y tiempo.
    7.
    1. Transferencia de modelos.
    2. Consideraciones en el contexto de cambio climático.
    3. Práctica: Transferencia de modelos.
  7. Evaluación de los modelos.
    8.
    1. Desempeño vs significancia estadística.
    2. Métricas de desempeño y métodos estadísticos de validación.
    3. Práctica: Evaluación de los modelos.
  8. Cierre y presentación del trabajo final.
    1. Recapitulación..

Evaluación

Las personas estudiantes llevarán a cabo tareas y un proyecto final, los rubros de las evaluaciones serán los siguientes:


Rubro Valor (%)
Clases presenciales 40
Tareas 25
Proyecto final 35
Total 100

Las tareas se podrán entregar hasta las 12:00 GMT-6 horas (medio día) del día anterior a la siguiente clase.

Cronograma de clases

Clase Tema
1 Introducción
2 Conceptos fundamentales
3 Datos de entrada
4 Algoritmos de modelación I. Maxent
5 Algoritmos de modelación II. Elipsoides
6 Transferencia de modelos
7 Evaluación de modelos
8 Presentaciones finales

Materiales

Algunos recursos y materiales disponibles en la red para profundizar en diferentes aspectos del Modelado de Nichos Ecológicos:

Referencias

  1. Peterson, A. T., Soberón, J., Pearson, R. G., Anderson, R. P., Martínez-Meyer, E., Nakamura, M., & Araújo, M. B. (2011). Ecological niches and geographic distributions. Princeton University Press. Enlace externo

  2. Osorio-Olvera, L., Lira-Noriega, A., Soberón, J., Peterson, A. T., Falconi, M., Contreras-Díaz, R. G., … & Barve, N. (2020). ntbox: An r package with graphical user interface for modelling and evaluating multidimensional ecological niches. Methods in Ecology and Evolution, 11(10), 1199-1206. Enlace externo

  3. Merow, C., Smith, M. J., & Silander Jr, J. A. (2013). A practical guide to MaxEnt for modeling species’ distributions: what it does, and why inputs and settings matter. Ecography, 36(10), 1058-1069. Enlace externo

  4. Werkowska, W., Márquez, A. L., Real, R., & Acevedo, P. (2017). A practical overview of transferability in species distribution modeling. Environmental reviews, 25(1), 127-133. Enlace externo

  5. Anderson, R. P. (2013). A framework for using niche models to estimate impacts of climate change on species distributions. Annals of the New York Academy of Sciences, 1297(1), 8-28. Enlace externo

  6. Zurell, D., Franklin, J., König, C., Bouchet, P. J., Dormann, C. F., Elith, J., … & Merow, C. (2020). A standard protocol for reporting species distribution models. Ecography, 43(9), 1261-1277. Enlace externo

  7. Feng, X., Park, D. S., Walker, C., Peterson, A. T., Merow, C., & Papeş, M. (2019). A checklist for maximizing reproducibility of ecological niche models. Nature Ecology & Evolution, 3(10), 1382-1395. Enlace externo

Contactos

Persona facilitadora Correo electrónico
Instructor: Enrique Martínez Meyer emm@ib.unam.mx
Instructor: Luis A. Osorio Olvera luis.osorio@iecologia.unam.mx
María Auxiliadora Mora maria.mora@itcr.ac.cr